IQ-TREE

IQ-TREE2 是一个高效且灵活的系统发育分析软件，用于构建进化树，支持多种分子序列类型。它结合了最大似然方法和多种模型选择功能，可以快速分析大规模数据集。

多种输入数据支持：支持 PHYLIP、FASTA、NEXUS 等常见格式的序列对齐文件。
高效树构建：结合 BIONJ 和 Parsimony 构建初始树。
模型选择：内置多个替代模型（如 GTR、WAG），支持自动选择最佳进化模型。
多核并行：支持多线程加速，适合处理大规模数据。

使用介绍

最大似然法构建进化树

# vcf文件格式转换成Phylip格式，用于后续构建进化树
run_pipeline.pl -Xmx5G \
 -importGuess all_clean.sorted.vcf.gz \
 -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter

# 1. 简单使用
iqtree -s core.aln -st DNA -T 2 -mem 8G

# 2. 设置 boosts 值
iqtree2 -s supergene.phy \
    -st DNA -T 2 -mem 8G \
    -m GTR -redo \
    -B 1000 -bnni \
    --prefix iqtree

-st DNA指定序列类型为 DNA 数据，确保对齐文件中的数据类型正确。

-m GTR 指定使用 GTR（General Time Reversible）进化模型，常用于 DNA 序列的进化分析。

-B 1000 启用超快速 Bootstrap，并设置迭代次数为 1000，用于评估节点支持值的可靠性。

-bnni 在 Bootstrap 树搜索过程中，启用 BNNI（Branch and NNI）优化，提高准确性和一致性。

参数解析

一般参数

-h, --help 显示帮助信息并退出。
-s FILE[,...,FILE] 指定序列对齐文件，支持多种格式（PHYLIP、FASTA、NEXUS 等）。
-s DIR 指定包含对齐文件的目录，适用于批量处理。
--seqtype STRING 指定序列类型，如 DNA、AA、CODON，默认自动检测。
-t FILE|PARS|RAND 指定初始树文件或方法，默认 99 棵 Parsimony 树和 BIONJ。
-o TAX[,...,TAX] 指定外群，用于为树设定根位置，多个外群用逗号分隔。
--prefix STRING 指定输出文件前缀，默认与输入文件名一致。
--seed NUM 设置随机种子，用于结果复现或调试。
--safe 使用安全的似然计算内核，避免数值下溢。
--mem NUM[G|M|%] 设置最大内存使用量，支持 GB、MB 或百分比。
--runs NUM 指定独立运行次数，默认值为 1。
-v, --verbose 输出更多屏幕信息，适用于调试。
-V, --version 显示软件版本信息。
--quiet 静默模式，抑制屏幕输出，仅生成结果文件。
-fconst f1,...,fN 为对齐文件添加常量模式，N 为状态数。
--epsilon NUM 设置似然收敛的阈值，默认值为 0.01。
-T NUM|AUTO 指定线程数或自动检测，默认值为 1。
--threads-max NUM 设置自动线程检测模式下的最大线程数，默认使用所有核心。