FreeBayes

FreeBayes是一款基于贝叶斯模型的单倍型多态性检测工具，用于短读序列测序数据的变异检测（包括SNP、InDel、MNP及复杂变异）。它适合处理各种倍性样本和混池样本，输出结果以VCF格式呈现。

基本用法

# 基本语法
freebayes -f [REFERENCE] [OPTIONS] [BAM FILES] >[OUTPUT]

# 1. 单样本变异检测
freebayes -f ref.fa sample.bam >output.vcf

• -f：指定参考基因组序列（FASTA格式）。

• [BAM FILES]：输入比对后的BAM文件，可以是一个或多个。

• >[OUTPUT]：将结果输出到指定的文件（默认输出到标准输出）。

参数解析

输入设置

• -b , --bam FILE：指定单个BAM文件。
• -L , --bam-list FILE：从文件中读取多个BAM文件。
• -f , --fasta-reference FILE：参考基因组序列（必选）。
• -t ,--targets FILE：限制分析区域到指定的BED文件。
• -r ,--region <chrom:start-end>：限制分析区域到特定染色体位置。

输出设置

• -v , --vcf FILE：将结果输出到指定VCF文件。
• --gvcf：生成gVCF格式输出，用于未检测到变异的区域。

变异检测过滤

• -C 或 --min-alternate-count N：每个样本中至少有N个支持的变异观察值（默认2）。
• -F 或 --min-alternate-fraction N：每个样本中变异观察值的最小比例（默认0.05）。
• -g 或 --skip-coverage N：跳过覆盖度高于N的区域。

倍性和混池样本

• -p 或 --ploidy N：设置分析的默认倍性（默认2，即二倍体）。
• -J 或 --pooled-discrete：对混池样本使用离散基因型模型。
• -K 或 --pooled-continuous：对混池样本使用频率模型，输出通过过滤的所有变异。

变异复杂性

• -E 或 --max-complex-gap N：限制单倍型间的最大间隔（默认3bp）。