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Singularity

Singularity 是一种专门用于高性能计算（HPC）和科学计算环境的容器技术，它允许用户在不具有超级用户权限的情况下，创建和运行容器。这使得它非常适合在共享的集群环境中使用，特别是在生物信息学领域，Singularity 是替代 Docker 的一个常见工具，尤其是在 HPC 和没有 root 权限的服务器上。

为什么使用 Singularity？

  1. 无需 root 权限：Singularity 容器可以在没有超级用户权限的情况下运行，这使其在共享计算资源中尤为重要。
  2. 兼容 Docker：你可以直接使用 Docker 容器镜像，而无需进行任何重大修改。
  3. 便于集成 HPC 系统：许多 HPC 系统支持 Singularity，因为它提供了对文件系统和计算资源的强大支持。
  4. 高安全性：Singularity 容器中用户和主机系统的 UID 是一致的，避免了 Docker 中存在的权限提升问题。

官方文档

常用生信singularity镜像

安装

Singularity 需要 Go 语言和 Development Tools，因此需要先安装这些依赖。

# 安装Go语言（用于编译 Singularity）
wget https://go.dev/dl/go1.20.5.linux-amd64.tar.gz
sudo tar -C /usr/local -xzf go1.20.5.linux-amd64.tar.gz
echo 'export PATH=$PATH:/usr/local/go/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

从 GitHub 上下载 Singularity 3.8.7 的源码

wget https://github.com/apptainer/singularity/releases/download/v3.8.7/singularity-3.8.7.tar.gz

使用 Singularity

singularity有许多命令，通过 pull、exec、build 等命令拉取、运行和构建容器。

从给定的URL下载容器镜像，常用的有URL有Docker Hub(docker://user/image:tag) 和 Singularity Hub(shub://user/image:tag) 

singularity pull docker://ubuntu:20.04
这将会下载一个名为 ubuntu_20.04.sif 的 Singularity 镜像文件

运行 Singularity 容器： 使用拉取的镜像，运行 Singularity 容器： 

singularity exec ubuntu_20.04.sif bash
这将在容器内部运行 bash，你可以在容器内执行命令。

进入容器内部的 shell 

singularity shell docker://tensorflow/tensorflow:latest
# 或者本地已经下载
singularity shell tensorflow.sif