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QualiMap

Qualimap 是一个强大的生物信息学工具，用于评估比对结果（BAM 文件）或变异检测结果（VCF 文件）的质量。它可以帮助检测数据的覆盖度、比对的质量和其他统计信息，是 RNA-seq、DNA-seq 和 ChIP-seq 数据分析中常用的质量控制工具之一。

Bug

出现 Unrecognized VM option 'MaxPermSize=1024m' 错误的原因是Java 8 及以上版本不再支持 MaxPermSize 选项。Qualimap 的启动脚本可能包含不再兼容的 Java 选项。需要修改这些选项。修改qualimap的启动脚本

# 查找并移除 MaxPermSize 相关的行
vi qualimap

# 找到以下代码段
java_options="-Xms32m -Xmx$JAVA_MEM_SIZE -XX:MaxPermSize=1024m"

# 修改为
java_options="-Xms32m -Xmx$JAVA_MEM_SIZE"

# 重新运行 Qualimap
qualimap --version

常用模块

Qualimap 包含几个常用模块，主要包括：

  • bamqc：用于评估 BAM 文件的质量控制（QC）
  • rnaseq：专为 RNA-seq 数据设计的模块
  • counts：用于生成特定基因组区域的比对深度
  • multi-bamqc：用于分析多个 BAM 文件
  • vc：用于 VCF 文件的变异质量评估

基本使用

bamqc

qualimap bamqc 是一个用于评估 BAM 文件质量的工具，通过对比对结果进行深入分析并生成详细的质量报告。

# 1. 简单使用

qualimap bamqc -bam sample.bam  # 如果不指定输出目录，默认以输入bam文件的前缀名为目录，在当前目录

# 2. 指定输出目录，跟使用的内存资源
qualimap bamqc --java-mem-size=8G \
    -bam SRR21931770_sorted.bam \
    -outdir SRR21931770

  • bam <arg>输入 BAM 格式的映射文件，必须提供。

  • -outdir <arg>指定生成的 HTML 报告和原始数据的输出文件夹（自动创建）。

  • -outformat <arg>输出报告格式，可以是 PDF、HTML 或两者组合 PDF:HTML。默认输出格式为 HTML。

  • -nt <arg>使用的线程数，默认值为 24。

  • -c, --paint-chromosome-limits 在图表中绘制染色体的边界。

  • -cl, --cov-hist-lim <arg> 设定覆盖率直方图的上限，默认值为 50X。

  • -dl, --dup-rate-lim <arg> 设置重复率直方图的上限，默认值为 50。

  • -gd, --genome-gc-distr <arg> 物种基因组的 GC 分布，选项包括：

    • HUMAN：hg19 或 hg38
    • MOUSE：mm9（默认）、mm10

  • -gff, --feature-file <arg> 指定包含感兴趣区域的特征文件，支持 GFF、GTF 或 BED 格式。

  • -hm <arg> 考虑在插入缺失（indel）分析中的最小同聚物长度，默认值为 3。

  • -ip, --collect-overlap-pairs 启用此选项可收集重叠的成对读段的统计信息。

  • -nr <arg> 每个块中分析的读段数，默认值为 1000。

  • -nw <arg> 分析窗口的数量，默认值为 400。

  • -oc, --output-genome-coverage <arg> 保存每个碱基的非零覆盖率的文件名。对大基因组会生成较大的文件。

  • -os, --outside-stats 报告特征文件指定区域之外的信息（仅在设置 -gff 时生效）。

  • -outfile <arg> 指定 PDF 报告的输出文件名，默认值为 report.pdf。

  • -sd, --skip-duplicated 跳过重复比对的选项。如果 BAM 文件中没有标记重复项，则 QualiMap 会自动检测可跳过的重复项。

  • -sdmode, --skip-dup-mode <arg> 指定要跳过的重复比对的具体类型，选项包括：

    • 0: 仅标记的重复（默认）

    • 1: 仅由 QualiMap 估计的重复

    • 2: 包含标记和估计的重复