Bowtie2

Bowtie2 是一种广泛使用的基因组比对工具，适用于将高通量测序数据（如 DNA 或 RNA 序列）比对到参考基因组上。它在处理短读长的比对上表现优异，支持多种输入格式（如 FASTQ、SAM）和输出格式（如 SAM/BAM），并提供了丰富的参数供用户调整比对过程中的灵活性和精度。

基本使用

1. 构建索引

Bowtie2 提供了 bowtie2-build 命令来生成索引文件

# 输入
ref=genome.fa           # 参考基因组
index_base=genome.fa    # 输出索引的目录和前缀，一般习惯和参考基因组文件名一致。

bowtie2-build \
    ${ref} \
    ${index_base}

# 输出如下索引
tree .
├── genome.fa.1.bt2
├── genome.fa.2.bt2
├── genome.fa.3.bt2
├── genome.fa.4.bt2
├── genome.fa.rev.1.bt2
└── genome.fa.rev.2.bt2

2. 比对

使用 bowtie2 命令进行序列比对。以下是一个基本的比对命令：

# 输入
index_base=~/test/data/ref/bowtie2_index/genome.fa  # 指定基因组索引的前缀名（与 bowtie2-build 中的前缀名一致）
fq1=sample_1.fq.gz
fq2=sample_2.fq.gz

# 输出
sam=sample.sam  # 默认是标准输出，可以通过 -S 指定输出的sam文件。

bowtie2 \
    -x ${index_base} \
    -1 reads_1.fq \
    -2 reads_2.fq \
    -S ${sam}