数据库
核酸数据库
三大核酸数据库NCBI的GenBank
EBI
欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute, EBI）是一个国际性的研究机构，提供广泛的生物信息学数据和服务。EBI是欧洲分子生物学实验室（EMBL）的一部分，旨在提供对生物学数据的综合访问，支持全球的生物医学研究。以下是EBI数据库的详细介绍：
1. 主要资源
EBI管理着多个重要的生物信息学数据库和工具，包括：
- Ensembl：提供对脊椎动物基因组的广泛信息，包括基因注释、DNA序列和基因功能。
- UniProt：全球最大的蛋白质信息数据库，涵盖蛋白质序列和功能注释。
- ArrayExpress：存储功能基因组学实验数据，如微阵列和高通量测序数据。
- Protein Data Bank in Europe (PDBe)：存储三维结构数据的全球资源。
- European Nucleotide Archive (ENA)：收录核苷酸序列和相关信息，包括原始测序数据、序列组装和注释。
ENA
European Nucleotide Archive (ENA) 是一个综合性的数据库，提供对核酸序列和相关信息的访问。由欧洲生物信息学研究所（EBI）维护和管理。
KEGG
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes） 是一个全球知名的生物信息学资源，由日本京都大学于1995年创建。KEGG 数据库包含多种生物分子和系统信息，主要用于分析基因组、代谢通路、疾病、药物和化合物的相互关系。其目的是通过全面的系统化数据，帮助研究人员理解生物学系统、细胞和有机体的功能。
KEGG 包含多个子数据库，每个子数据库关注生物学的不同层面。以下是一些主要的 KEGG 数据库：
=== "KEGG Pathway"（代谢通路）：
KEGG Pathway（代谢通路）
-
提供分子间的相互作用网络，包括代谢、遗传信息处理、信号传导和疾病通路。
-
代谢通路的视觉表示在生物化学反应图中展示了化合物、酶、代谢物等之间的关系。
=== "KEGG Genes"（基因）：
包含大量物种的基因组数据，支持特定物种基因的注释和功能预测。 通过 KO（KEGG Orthology）来统一不同物种中同源基因的功能。 KEGG Enzyme（酶）：
提供酶的分类及其催化的生化反应信息，包含酶的 EC 编号及功能。 KEGG Disease（疾病）：
关联疾病、病理学途径及遗传变化，帮助理解疾病发生的生物学机制。 KEGG Compound（化合物）：
包含化学物质及其在代谢和生物反应中的作用信息。 KEGG Drug（药物）：
提供药物、其靶点和代谢途径的信息。 KEGG Orthology (KO)：
用于将不同物种中的基因按照功能进行分类和注释。KO 系统是 KEGG Pathway 和 KEGG Genes 的桥梁。
KEGG 代谢通路信息
KEGG 代谢通路信息是 KEGG 数据库最重要的组成部分之一。它通过图形化的通路图展示生物体内的化学反应和分子相互作用。
1. 代谢通路的层级结构
KEGG 的代谢通路是分层结构的，由大类（Category）、亚类（Subcategory）、通路（Pathway）和基因（Gene）组成，展示了不同生物学过程中的相互作用。每个层级包含详细的信息：
- 大类（Category）：例如代谢、信号转导、遗传信息处理等。
- 亚类（Subcategory）：如碳水化合物代谢、氨基酸代谢、脂质代谢等。
- 通路（Pathway）：具体的生物过程，如糖酵解（Glycolysis）、脂肪酸代谢、TCA 循环。
- 基因（Gene）：参与该代谢过程的基因，通常包括 KO 编号和 EC 编号。